A história da Facunicamps começa em 26 de agosto de 2004, quando os professores João Rodrigues e Patrícia Mendonça idealizaram a instituição. Em 2007, foi dada a largada para o primeiro curso, Administração, seguido de Ciências Contábeis e Enfermagem em 2009. Em 2011, a instituição inaugurou sua sede própria e iniciou o curso de Farmácia, em 2012, realizou seu primeiro ENADE. Em 2013, a instituição foi reconhecida como a melhor faculdade do estado pelo MEC.

Nos anos seguintes, a Facunicamps continuou expandindo seus cursos e campus. Em 2015, mais cursos foram abertos, como Engenharia de Produção, Educação Física, Pedagogia e Serviço Social. Em 2016, a instituição inaugurou seu segundo campus e adicionou Estética e Cosmética e Engenharia Civil à sua lista de cursos. Em 2018, foi a vez de Direito e Psicologia entrarem na grade. Em 2020, o terceiro campus foi inaugurado e a instituição abriu os cursos de Nutrição e Arquitetura. Por fim, em 2021, o curso de Odontologia foi inaugurado e a instituição tornou-se um centro universitário.

Hoje, a Facunicamps possui quatro campus na região de Campinas, em Goiânia; um campus no município de Santa Helena e uma fazenda escola, conta ainda com mais de 50 polos pelo Brasil, sendo reconhecida como a melhor instituição de ensino superior de Goiás pelo MEC, por 11 anos consecutivos. A instituição dedica-se a oferecer aos seus alunos infraestrutura de ponta, corpo docente qualificado e metodologias de ensino inovadoras, formando profissionais de alta performance para o mercado de trabalho.